Concebido como un donante flexible, el FNDH ha podido asumir riesgos y apoyar iniciativas emergentes que son específicas e inteligentes, sin intermediarios ni procedimientos que consuman mucho tiempo.
El FNDH ha brindado apoyo a proyectos centrados en una amplia gama de temas. Entre ellos se incluyen el reconocimiento y la garantía de los derechos de los pueblos indígenas como ciudadanos; la supervisión y documentación de abusos en zonas de conflicto; la protección de quienes trabajan en la primera línea de la defensa de los derechos humanos; y la exigencia de acceso a necesidades humanas básicas para las personas en situación de pobreza, como el agua, los alimentos y la vivienda. Como parte de este trabajo, el FNDH ha construido redes amplias y sólidas de actores relevantes, en las que participa activamente tanto a nivel local como internacional.