El FNDH da prioridad a los proyectos encaminados a garantizar un acceso pleno e igualitario a la justicia, reconociendo ésta como el componente clave para combatir la impunidad

Sin embargo, asegurar el acceso a la justicia no es una tarea sencilla ante los enormes desafíos, independientemente de que las leyes nacionales e internacionales garanticen formalmente la protección de los derechos humanos. Algunos de estos obstáculos se basan en la discriminación de ciertos grupos por motivos de género, religión u origen étnico. Otros obstáculos están enraizados en la ausencia de marcos normativos, debilidades administrativas o en la falta de voluntad política.

Organizaciones apoyadas por el FNDH han realizado esfuerzos notables para reclamar su derecho a un acceso pleno e igualitario a la justicia. Algunos de estos esfuerzos incluyen la documentación de las violaciones de los derechos humanos, la promoción de su visibilidad, el empoderamiento de los grupos discriminados, la recuperación de la memoria histórica, y la asistencia jurídica gratuita.