Para asegurar un alto grado de precisón en la selección de propuestas, el FNDH trabaja con consultores locales en la mayoría de sus países priorizados. Su principal tarea es desarrollar las capacidades de las organizaciones  apoyadas, dar seguimiento a los proyectos, y asesorar sobre estrategias y solicitudes. Para la selección de proyectos, el FNDH también hace uso de redes internacionales, referencias de  donantes similares, y organizaciones de derechos humanos nacionales e internacionales.  Todos los consultores del FNDH son activistas de derechos humanos cualificados, con vasta experiencia en organizaciones de base en sus respectivos países. El FNDH tiene consultores en Pakistán, India, Liberia, México y Colombia.